Os estudantes inscritos no Programa terão duas estruturas de orientação: durante o primeiro ano o seu trabalho e escolhas científicas serão orientados por um tutor envolvido num dos projectos de investigação do CEC; no segundo ano serão atribuídos dois orientadores aos projectos de dissertação dos estudantes: um elemento local da equipa de investigação de Lisboa e um membro da equipa internacional (Leuven/ Bologna). Uma vez que o Programa incentiva cruzamentos interdisciplinares nos tópicos de dissertação, o Conselho Directivo pode, a título excepcional, atribuir um orientador de uma outra instituição e com uma especialização numa área não coberta pela equipa.

A orientação do PhD-COMP baseia-se em três princípios: 1) está estruturada de forma a proporcionar uma verdadeira formação internacional através da combinação de professores de Portugal e das instituições estrangeiras participantes; 2) visa garantir, desde o início, a integração completa do trabalho autónomo e individual dos estudantes em projectos e grupos de investigação activos; 3) tem o objectivo de encorajar e formar os alunos na prossecução de padrões internacionais de publicação e investigação.